En 1940, alors Ministre du Ravitaillement, il participe au Congrès du Parlement à Vichy, le 10 juillet 1940. Là, il exprime son refus d'octroyer les pleins pouvoirs au Maréchal Pétain par une abstention volontaire.

Retiré à Neuvic, Henri Queuille reçoit la visite d'Hettier de Boislambert. Ce dernier l'informe que le général de Gaulle souhaiterait le voir auprès de lui. Après quelques péripéties, il gagne Londres en avril 1943 où le général lui confie la présidence de la Commission du débarquement. En novembre 1943, il est nommé Commissaire d'Etat du Comité de Libération nationale. En juin 1944, il devient ministre d'Etat du premier Gouvernement de la République et, à ce titre, il assume l'intérim de la présidence du Gouvernement provisoire pendant les absences du Général de Gaulle.

Dès son retour à Paris avec le Gouvernement provisoire, début septembre 1944, Queuille demande au Général de Gaulle de lui rendre sa liberté et se retire à Neuvic